Awal mula Jemaat GKI Bungur tidak bisa lepas dari sejarah misi terdahulu di Indonesia yang dikerjakan oleh pekabar Injil dari Zending Belanda, orang Tionghoa Perantauan dan orang Tionghoa peranakan. Dari misi yang dilakukan para pekabar Injil tersebut berdirilah beberapa jemaat Tionghoa di Indramayu, Cirebon, Bandung dan Jakarta, yang pada tahun 1889 diakui sebagai jemaat oleh Pemerintah Hindia Belanda dengan nama “Evangelische Chineesche Gemeente”. Dan pada tanggal 12 Nopember 1938 dikenal sebagai “Tiong Hoa Kie Tok Kauw Hwee Khu Hwee West Java ” (THK-TKH-KH West Java).
Pelayanan Tiong Hoa Kie Tok Kauw Hwee Khu Hwee West Java kepada masyarakat Tionghoa di Jakarta, bermula di tengah-tengah jemaat Patekoan di mana pada tahun 1868 telah dibaptiskan 17 (tujuh belas) orang dewasa yang pertama oleh Ds de Gaay Fortman dan ketujuh belas orang inilah yang mula-mula menjadi anggota inti dari Jemaat Patekoan (sekarang GKI Jalan Perniagaan No.1 Jakarta).
Dalam perkembangannya jemaat Patekoan mengalami perkembangan yang luar biasa mulai tahun 1940. Pada tanggal 17 September 1950 dibentuklah kepanitiaan yang beranggotakan Ang Tian Tju, Go Bo Tjai, Liem Thung Siu dan Tjuang Oen Tek untuk mencari lahan dan kemudian berhasil membeli sebidang tanah seluas 3800 M2 yang beralamatkan di jalan Pinangsia I No.18.
Pada tanggal 06 April 1952 diadakan Kebaktian Perpisahan dengan jemaat Perniagaan, sejak saat itu jemaat yang berbahasa dialek Hok Kian secara resmi berdiri sendiri menjadi sebuah jemaat dengan nama Tiong Hoa Kie Tok Kauw Hwee Jemaat Pinangsia, yang kini disebut GKI Gloria. Jemaat ini kemudian digembalakan oleh Pdt. Go Bo Tjai selama lebih dari 30 tahun.
Pelayanan Injil di Jemaat GKI Bungur berawal dari pelayanan beberapa anggota Jemaat Pinangsia, jakni Thio Eng Hoa dan Tjioe Ie Fung pada tanggal 11 Mei 1952 kepada orang-orang Tionghoa di daerah Pasar Lama. Pasar Lama tersebut sekarang disebut Pasar Senen dan kemudian tanggal tersebut dijadikan sebagai hari berdirinya GKI Bungur. Setelah beberapa bulan pelayanan PI tersebut, akhirnya diputuskan untuk membuka Pos PI Tiong Hoa Kie Tok Kauw Hwee Jemaat Pinangsia dengan meminjam tempat di GKI Gunung Sahari IV. Pengurus Pos PI tersebut ditangani oleh Tjuang Oen Tek, Liem Thung Siu, Tjoa Tiauw Beng (Enoch Tjakra, satu-satunya perintis GKI Bungur yang masih hidup sampai hari ini) dan Ong Sen Yen.
Pada akhir tahun 1954, dalam rapat pengurus diputuskan untuk meningkatkan Pos PI ini menjadi jemaat Dewasa, dan tanggal 1 Januari 1955 terbentuklah susunan Majelis Jemaat Bungur yang pertama. Mengingat kehadiran pengunjung Kebaktian kian hari kian meningkat, maka majelis jemaat merasa sudah saatnya untuk mencari tempat ibadah yang permanen, kemudian diputuskan untuk membentuk sebuah yayasan yang bertugas menggalang dana pembelian rumah ibadah. Maka pada tanggal 2 Agustus 1956 dibentukan sebuah Yayasan GKI Bungur Besar, yang diketuai Tjuang Oen Tek, dan anggota-anggotanya: Na Tiang Tek, Chen Lien Pie, Chen Pei Yung, Liem Tjau Tjiang, Kang Yen Then, dll. Karena rahmat Allah yang besar akhirnya pada bulan Agustus 1956, mereka berhasil membeli sebidang tanah seluas 2.280 m2 yang terletak di jalan Bungur 84 Jakarta. Pada bulan Maret 1957 diadakan kebaktian peresmian yang juga dihadiri oleh Departemen Agama, Pembimbing Masyarakat Kristen. Sejak saat itu pula kebaktian yang semula memakai tempat di GKI Gunung Sahari IV dipindahkan ke tempat ibadah yang baru.
Tahun 1958 secara resmi Jemaat Kie Tok Kauw Hwee Bungur menjadi anggota Sinode GKI Jabar, dan mulai saat itu pula menggunakan Tata Gereja Sinode GKI Jabar sebagai pedoman kehidupan berorganisasi. Tanggal 11 Mei 1958, pada HUT Gereja ke-6, diadakan kebaktian Peresmian Gedung Pastori “Ay Yen” yang dipersembahkan oleh PT. She Yen. Kebaktian Peresmian tersebut dilayankan oleh Pdt. Chen Lin Fong.
Pendeta Pertama Jemaat Bungur adalah Pdt. Than Kuo Thung, yang melayani sejak Juli 1957 s/d bulan Juni 1959, dengan dibantu seorang Misionari Sia Tien Fei. Pendeta kedua Jemaat Bungur, adalah Pdt. Cuang Cek Ce yang melayani sejak bulan Juni 1960 s/d bulan Desember 1962.
Pada saat Jemaat Bungur mengalami kekosongan pengerja, pada tahun 1963 Tuhan melalui Rektor Madrasah Alkitab Asia Tenggara Malang (sekarang SAAT Malang) mengutus Ev. Peter Chandra (Tjung She Hao) untuk melayani di jemaat Bungur. Menurut Catatan sejarah Ev. Peter Chandra adalah seorang pemuda yang sangat bersemangat membangkitkan kaum muda, melalui pelayanannya banyak pemuda/i yang mempersembahkan diri menjadi hamba Tuhan. Tahun 1967 Ev. Peter Chandra melanjutkan studi ke Amerika Serikat.
Pelayanan di Jemaat Bungur kian hari kian bertambah, dan melihat kebutuhan perlunya pelayanan kepada orang-orang yang tidak bisa berbahasa Tionghoa, maka pada tanggal 19 Pebruari 1967 Majelis Jemaat memutuskan untuk membuka satu Kebaktian yang khusus memakai bahasa Indonesia, yang diadakan setiap Hari Minggu pkl. 06.30 WIB. Pada bulan Juli 1967 juga dibentuk Persekutuan Komisi Wanita, dan pada tanggal 12 Oktober 1967 dibentuk Persekutuan Pemuda Remaja. Demikian juga pelayanan terhadap anak-anak Sekolah Minggu, yang semakin bertambah sehingga diperlukan ruang-ruang kelas baru, Tahun 1970 Majelis Jemaat memutuskan untuk membangun kelas-kelas untuk pelayanan Sekolah Minggu. Setahun kemudian tepatnya pada HUT Gereja ke-18 kelas-kelas tersebut diresmikan pemakaiannya.
GKI Bungur sejak tahun 1954 juga menjalankan penginjilan dan merintis Pos Pekabaran Injil di daerah Jatinegara. Dengan menggunakan rumah di Jl. Jembatan Item No. 7 milik seorang anggota dari jemaat Bungur yakni Sdr. Lin Fung Yen sebagai tempat persekutuan dan ibadah. Pada masa perintisan Pos Pekabaran Injil hingga didewasakan (1954-1979), Tuhan memakai banyak tangan yang ikut mengukir sejarah bakal jemaat ini antara lain: Pdt. Tjeng Oen Tek (Alm), Miss Shia dari OMF (1958-1977), Ev. Lie Ie Cie, Ev. Yang Fung Bing, Ev. Tjoe Fung Ngo dan Ev. Yahya Kurniawan (Tjiang Re Tjing). Pada tanggal 29 Agustus 1979 jemaat ini resmi menjadi jemaat dewasa melalui suatu kebaktian pendewasaan yang dipimpin oleh Pdt. Caleb Tong dan sekaligus peresmian gedung gereja di jalan Jatinegara Barat III/2A.
Dalam lintasan sejarah, GKI Bungur banyak mengalami kesulitan dan hambatan, ini berdampak pula dengan masa pelayanan para hamba Tuhan yang umumnya relatif singkat. Pada masa pelayanan Ev. Eunice Ho Ay Ling (Tahun 1977 – 1983) terasa kebangunan rohani di kalangan pemuda pemudi dan remaja. Kala itu banyak pemuda dan pemudi menyerahkan diri secara penuh waktu untuk dididik di Sekolah Teologia. Khususnya melalui “Gerakan Inilah Hidup Jakarta” yang diadakan oleh Lembaga Penginjilan Mahasiswa Indonesia (LPMI) atau Campus Crusade, melatih pemuda-remaja untuk mengadakan Penginjilan Pribadi. Setiap hari Minggu sore kira-kira 40 orang pergi keluar mengadakan Injil “door to door.” Dan juga kelas-kelas Pemahaman Alkitab (PA) setiap hari Rabu dihadiri 80 – 100 orang.
Pada tahun 1990 Tuhan mengutus Pdt.Caleb Tong (pendeta GKI Hok Im Tong, Bandung) sebagai pendeta Konsulen dengan beberapa terobosan baru dari rutinitas gereja antara lain: Meningkatkan Persekutuan Doa menjadi Persekutuan Firman dan Doa; Mengadakan Pekan Misi Pekabaran Injil (KMPI); mengadakan Perwilayahan dsb.
Sesuai dengan hasil keputusan Rapat Majelis Jemaat bersama Yayasan Gereja Kristen Bungur Besar diputuskan untuk membangun gedung ibadah yang baru, maka pada tanggal 22 Juli 1990, diadakan Kebaktian Syukur dan Peletakan Batu Pertama yang dipimpin oleh Pdt. Stephen Tong. Selama pembangunan ini, segala aktifitas gereja: kebaktian, persekutuan dan lain sebagainya dipindahkan ke ruang-ruang kelas sekolah St. John.
Di tengah tengah pembangunan berlangsung Tuhan mengerti dan memenuhi kebutuhan jemaat-Nya. Pada awal tahun 1991 Tuhan mengutus hamba-Nya, atas diri Pdt. Andreas Hadi Simeon M.Th. dan istri untuk melayani di GKI Bungur. Kehadirannya memberi suasana baru bagi GKI Bungur yang sejak lama tidak memiliki seorang Gembala Jemaat. Pada Tahun 1991 juga diadakan penahbisan Pendeta atas diri PntK. Grace Elim selaku Sekretaris Umum Klasis Priangan, berbasis pelayanan di GKI Bungur. Karena kebutuhan jemaat yang semakin mendesak maka pada tanggal 29 Juni 1992 PntK. Harianto Suryadi ditahbiskan sebagai pendeta.
Pada tanggal 06 Maret 1994 Majelis jemaat GKI Bungur membuka Pos Kebaktian Pelayanan dan Kesaksian (Pos KPK) di Perumahan Harapan Indah Bekasi. Pdt. Harianto Suryadi dan Dkn. Budi Setiawan serta beberapa orang aktifis yang menjadi kepanjangan tangan Tuhan merintis pelayanan di Perumahan tersebut. Pelayanan di Harapan Indah berkembang dengan pesat, pada tanggal 03 Maret 1998 statusnya ditingkatkan menjadi Bakal Jemaat GKI Bungur dan selanjutnya pada tanggal 18 Oktober 1999 Bakal Jemaat tersebut dilembagakan menjadi sebuah jemaat dewasa, yang kini dikenal dengan nama GKI Harapan Indah Bekasi. Dan bersama dengan itu Pdt. Harianto Suryadi deteguhkan sebagai pendeta GKI dengan basis pelayanan di GKI Harapan Indah Bekasi.
Pada tanggal 19 April 1999 Juga dilakukan Penahbisan Pdt. Melisa Sugihermanto untuk melayani di GKI Bungur. Selanjutnya karena kebutuhan pelayanan yang didukung oleh GKI Bungur terhadap Bakal Jemaat Terang Hidup di Ketapang Jakarta, maka Pdt. Melisa Sugihermanto melayani penuh waktu di Bakal Jemaat tersebut. Bakal Jemaat Terang Hidup pada akhirnya diasuh oleh GKI Anugerah Bandung sampai dilembagakan menjadi GKI Terang Hidup.
Setelah melayani sebagai gembala jemaat sekitar 17 tahun di GKI Bungur, maka pada tanggal 17 November 2008 dilakukan Kebaktian Emeritasi Pendeta bagi Pdt. Andereas Hadi Simeon. Kebaktian tersebut dilaksanakan bersamaan dengan Kebaktian Penahbisan Pendeta atas diri Pnt. Reefo C. Panambunan. Majelis Jemaat menyatukannya menjadi Kebaktian Dwi Syukur. Kebaktian ini dilakukan untuk mengucap syukur atas penyertaan dalam pelayanan Pdt. Andereas Hadi Simeon sampai masa emeritus dan juga mengucap syukur atas penahbisan Pdt. Reefo C. Panambunan sebagai pendeta. Setahun kemudian tepatnya pada 12 Oktober 2009, Majelis Jemaat GKI Bungur sebagai jemaat tumpuan dari Pdt. Grace Elim yag menjadi Sekretaris Umum GKI Klasis Priangan secara penuh waktu, sekali lagi melaksanakan Kebaktian Dwi Syukur,yaitu dalam 40 tahun pelayanan dan Emeritasi Pdt. Grace Elim.
Semenjak emeritasi Pdt. Andereas Hadi Simeon pada tahun 2008, Majelis Jemaat melihat kebutuhan untuk pengembangan pelayanan di GKI Bungur. Maka setelah melalui pergumulan doa yang panjang, akhirnya pada tahun 2013, Tuhan mengutus hamba-Nya, Pdt. Suriawan Edhi untuk melayani sebagai pendeta jemaat dan meneruskan kepemimpinan sebagai gembala jemaat GKI Bungur. Majelis Jemaat bersehati mendukung pelayanan Pdt. Suriawan Edhi di tengah jemaat dan di GKI Klasis Priangan sebagai Sekretaris Umum. Majelis Jemaat bersama Pdt. Suriawan Edhi merumuskan kembali jati diri dan visi misi gereja untuk bersama menjawab kebutuhan jemaat pada baru ini.
Selama 62 tahun perjalanan pelayanan GKI Bungur maka Tuhan telah memimpin dan memakai para hamba Tuhan untuk melayani sbb:
1957-1959 Pdt. Than Kuo Thung
1957-1959 Ev. Ester Tan
1957-1960 Ev. Sia Tien Fei
1957-1958 Ev. Timothy Lokananta
1960-1962 Pdt. Cuang Cek Ce
1961-1968 Ev. Lie Ik Ci (Pos PI)
1964-1966 Ev. Huang Phing Ing
1963-1967 Pdt. Peter Tjung She Hao
1966-1968 Pdt. Huang Pao Lao
1968-1969 Ev. Liauw Ling En
1969-1970 Pdt. Philip Tjendana
1970-1971 Ev. Tjoe Fung Nge (Pos PI)
1970-1971 Ev. Kwok Siu Tjien
1970-1971 Ev. Lan Pik Khuen
1973-1975 Ev. Yang Fung Phing (Pos PI)
1974-1976 Pdt. Andrew Wusan
1975-1976 Ev. Siek Ie Heng
1976-1980 Pdt. Tjang Lok Su
1976-1980 Ev. Tjia Re Tjing (Pos PI)
1977-1983 Ev. Eunice Ho
1978-1981 Ev. Ester Ong
1980-1984 Pdt. Lucy Kumala
1981-1987 Pdt. Yesaya Kurniadi
1981-1987 Ev. Inge Wibowo
1985-1989 Pdt. Eddy Paulus
1985-1989 Ev. Stephanie Paulus
1985-1999 Pdt. Harianto Suryadi
1988-1991 Pdt. Meitha Sartika
1990-1991 Pdt. Caleb Tong (Pendeta Konsulen)
1990-1991 Ev. Stevensen Cintawan
1990-1995 Ev. Rudie Gunawan
1991-1992 Ev. Souw Suharwan
1997-2001 Ev. Go Swat Hun
1991-2008 Pdt. Andereas Hadi Simeon
1991-2008 Ev. Lilian Simeon
1992-2002 Pdt. Melisa Sugihermanto
2001-2002 Ev. Hengky Suciadi
2001-2002 Ev. Ruth S
2001-2002 Ev. Suwardi R Fok
2001-sekarang Pdt. Reefo C. Panambunan
2013-sekarang Pdt. Suriawan Edhi
2013-2014 Ev. Suwandi (Pos PI)
Jemaat GKI Bungur bersyukur untuk penyertaan Tuhan yang begitu nyata dan berarti, sehingga jemaat ini telah menjalani 62 tahun pelayanan sebagai gereja Kristus. Kiranya Jemaat GKI Bungur terus setia kepada panggilan Allah, Sang Kepala Gereja, yang telah memberikan visi misi sebagai gereja Injili yang berpegang teguh kepada Alkitab Firman Allah dan memiliki jati diri sebagai gereja Tionghoa yang dipanggil untuk menjadi berkat di masyarakat Indonesia.